يتبع المركز عدة فروعٍ بالجماهيرية العظمى ويدار بمدير يناط به تخطيط وتنظيم وتنسيق ومتابعة أعمال الفرع بالمركز الوطني لتنفيذ وتحقيق الأهداف المطلوبة من الفرع طبقاً للقرارات والبرامج الصادرة عن اللجنة الشعبية بالمركز وذلك على النحو التالي:-

1. الإشراف على تنفيذ القوانين والقرارات والتوصيات واللوائح المعمول بها بالمركز.

2. متابعة تنفيذ خطط الطوارئ لمواجهة الأوبئة في نطاق الفرع لإنجازها في المواعيد المحددة طبقاً للخطة والميزانية المعتمــــــدة.

3. الإشراف على نشاطات الأقسام التابعة للفرع.

4. تنفيذ الخطط وبرامج التدريب وتنمية القوى العاملة وتطوير نظم العمل وكفاءة الخدمات بالفرع.

5. تنفيذ التزامات وتعهدات الفرع وكافة الإجراءات التي من شأنها المحافظة على تجهيزات وأموال المركز الوطني بالفرع.

6. إعداد التقارير الدورية والسنوية عن نشاط الفرع.

ويزاول فرع المركز عمله من خلال الأقسام والمكاتب التالية حسب حجم نشاط كل فرع ضمن دائرة اختصاصه:

أ‌- قسم الشئون الإدارية والمالية.
ب‌- قسم مكافحة الــــــــــــــــدرن.
ت‌- قسم مكافحة الأمراض السارية.
ث‌- قسم مكافحة الإيدز والأمراض المنقولة جنسياً.
ج‌- قسم الصيدلة والإمداد الطبي.
ح‌- قسم المعلومات والإحصـــاء.
خ‌- قسم العيادات التخصصيــــة.
 

:: فروع المركز